东京、国产大阪、国产京都相继发生杀人事件，5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入调查，发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员8名，以义经的家臣名字互相称呼，且都持有一本《义经记》，被害5人手中的《义经记》均被拿走。这日京都古寺山能寺收到奇怪书信，说若能解开信中所附的画谜，便能找到8年前被窃的如来佛像。柯南、小兰随毛利小五郎来到该寺，均对画谜一筹莫展。5名被杀者之一曾对与新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加，服部也来到京都对案件秘密展开调查，并借机找寻自己的初恋情人。柯南与服部相遇联手调查时，发现有人想置服部于死地，紧接“源氏萤”另一成员被害，而这一切，似乎又都与画谜有关。
回复 :故事发生在中华料理屋鬼丸饭店，作为老板娘鬼丸真纪子（定冈小百合 配音）的女儿，鬼丸美辉（生天目仁美 配音）并不热衷于打理家族的事业。可是，在青梅竹马神无月惠美（小清水亚美 配音）的激将下，美辉决定，一定要成为商店街上的第一看板娘，一场轰轰烈烈的头牌争夺战即将展开。美辉固执和诡异的行为方式给饭店的日常经营带来了不少的麻烦，但奇怪的是，她风风火火的作风却得到了商店街不少顾客的青睐和喜爱。每日，除了要完成店铺的日常外，美辉还要接受来自于西山堪九郎（桧山修之 配音）等劲敌的不断挑战，在经营和修炼的过程中，美辉也从一个懵懂的女孩逐渐成长为了能够肩负起大人的无敌看板娘。
回复 :故事发生在遥远的2035年，由于人口数量急剧下降，教学机构变得形同虚设，越来越多的人在学习和工作之间选择了后者。就是这样一个萧条的时代，一个名叫天宫学美（堀江由衣 配音）的可爱少女出现在了私立圣樱学园的校园中。这位与大环境格格不入，格外热衷于校园生活的少女，她能够一改校园中萎靡的风气吗？在学校里，学美结识了一群有趣的朋友们——天真懵懂的稻森光香（野中蓝 配音），活泼好动的上原睦月（井上麻里奈 配音），个性酷酷的卫藤芽生（平野绫 配音），天然呆大小姐小鸟桃叶（藤田咲 配音），在学美的影响下，原本消极的她们逐渐学会了珍惜只存在于校园中的，美好而又只能的友情。
回复 :某天，柯南因感冒在家休息，期间接到了灰原哀的电话。原来灰原做出了APTX-4869的最新解药，虽然只是试制品，但一心恢复工藤新一身份的柯南仍然迫不及待赶往阿笠博士的实验室。服药后，新一终于回到原有状态，不过周遭的一切却似乎有所改变：博士院子里的树长高了，出现许多新的建筑物，体育老师变得苍老，班里的同学全是陌生面孔，甚至元太、光彦和步美也都变成高中生的模样。他找到同样变成高中生的灰原，得知自己在过去的10年里不断服用解毒药导致产生抗药性，最近5年已无法变会原有状态。失落的柯南无奈看着周遭的转变，更让他倍受打击的是，小兰决定放弃杳无音讯的新一而嫁给新出老师。他们的恋情亦梦以幻，何以为终……
