现在，水乡全世界所有人都在使用的智能手机App。那里潜藏着无人知晓的存在·Applimonster，水乡通称“Appmon”。Appmon是具备能够自主思考行动的人工智能的App生命体，在人类世界与数码空间的间隙中，为系统及人类发挥着机能。但，潜藏在网络之海中的“凶恶的最终BOSS人工智能·利维坦”化作病毒控制了Appmon们，并开始黑入各个系统，企图从网络一侧控制人类的世界。主人公少年·新海春，获得了被伟大的意志引导的“App驱动”，并使来自“App芯片”的搜索App·GATCHIMON实体化了。隐藏在“App驱动”中的谜团，处在Appmon所潜藏的网络世界与现实世界之间的不可思议的“场”，以及2只Appmon进化的“App合体”到底是什么？“利维坦”真正的目标究竟是……！？爱好读书的少年春，与搜索App的怪兽·GATCHIMON这一对凸凹组合，奔驰于现代世界的新感觉搭档物语，现在启动！