位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，幸运其中约8成是学生的这座都市中，幸运实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！
回复 :遥远银河彼端，闪耀着一颗孕育魔法神力的星球——维尔哈伦。大陆上存在着四个迥然各异的国家。来自南国的少年界海机缘巧合下进入一间名为“时之歌”的神秘藏书阁打工，在工作过程中结识了来自不同国家的神秘客人，而这些错综复杂的关系有意无意地将他卷入一场深关大陆命运的漩涡……
回复 :主人公·长菜奈寺美被同级生露理诱惑参加了同人志的贩售会。在那里奈寺美第一次接受到同人文化的冲击。在露理和已是同人界超级人气作家的幼年玩伴Justice的影响下，奈寺美也开始了自己的同人活动，不过由于完全是外行人，所以技术完全不行。不过奈寺美并没有因此而灰心，反而向着人气漫画家的方向努力前进，与各种奇怪的朋友一起过着充实的每一天。
回复 :公元2029年，未来世界是高科技与信息化的世界。人类生活水平的提高伴随着犯罪活动的高科技化，于是，专门镇压高科技犯罪的特殊部队——公安9课成立了。队长草薙素子，作为一位全身“义体化”的女警，带领公安9课不断展开行动。是次，公安9课帮助公安6课秘密解决了一位程序员外逃他国的麻烦琐事，又卷入传说中的黑客“傀儡师”的犯罪事件。当行动陷入僵局之际，傀儡师竟然不请自来，出现在公安9课！素子与她的战友们，不知不觉地被卷入了一场涉及政府的阴谋之中。
