故事发生在东京八丈岛近海，宅男一座将全球各地警方监控相连接的高科技设施——“太平洋浮标”即将启动。为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，宅男来自世界各地的工程师聚集在这里。基于人脸识别的全新“黑科技”也正在测试中……与此同时，柯南一行人前往八丈岛观鲸，途中柯南接到冲矢昴（赤井秀一）的电话，被告知欧洲刑警组织成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相的柯南潜入“太平洋浮标”。正当工程师们正在为系统启动而展开准备工作时，一桩案件突然发生！一名女工程师被黑暗组织绑架，她手中存有核心技术的U盘也落入了黑暗组织手中！此时，水下传来未知潜水艇逼近的声音，令人毛骨悚然，一个神秘的黑影也正在悄悄接近灰原哀……
回复 :贼贼猫归隐山林后，过了几年，猫王小气猫又想攻打鼠国……猫国动员了十个军团的庞大兵力，前来进攻鼠国。.很快就打下了鼠国的要塞雷云关，鼠王吓的想要投降，福福鼠和他的朋友们决定和猫国决战。经过研究，他们认为猫国的军队数量虽然多鼠国三倍多，但他们有很多缺点。福五鼠决定运用孙子兵法的谋略，决定在锁龙山的困龙谷埋伏，歼灭猫国军团。
回复 :魔法仙子现在回到了地球，并受到了人们的热烈欢迎与爱戴。在安卓斯海洋世界，那普顿王正要册封他的孩子泥利斯成为下一个掌管海洋皇帝，但仪式进行到一半的时候，被一直想要争夺王位的天那斯——泥利斯的哥哥搞砸了。天那斯企图阻止这场登基大典发生，利用三叉戟将泥利斯弄伤，但最后被击败，并没收了他的魔法，送进了牢狱。在牢狱里，天那斯遇上了三妖后。一座石油钻机，于海中央发生了爆炸事故，导致石油泄漏，魔法仙子被要求协助停止这场可怕的环境污染。蓝天想要将一条象征幸福未来的项链送给蕾儿，寓意未来在一起的日子会幸福快乐，但是他在拯救石……
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回复 :铃木园子的叔叔次郎吉不甘心失败，决定再次向怪盗基德发出挑战。这位坏脾气的大叔斥巨资制造了巨型的飞船贝尔·雪利二世号，并以镶嵌有名贵宝石“天空的贵妇人”的戒指作赌注，邀请基德前来挑战，看他能否在东京到大阪的这6小时时间内完成这项困难的任务。柯南、小兰等人理所当然也接到邀请，甚至电视台的人也兴师动众前来。随着时间的流逝，双方的对决悄悄展开。另一方面，恐怖组织红色暹罗猫也登上了飞船。此前不久，红色暹罗猫袭击了国立东京微生物研究所，并盗走一种致命的病毒。本片根据青山刚昌的同名漫画改编，是该动画的第14部剧场版。
