在同学的眼中，天梯立石亚由（堀江由衣 配音）是一个长相漂亮学习优秀的万能美少女，天梯个性有些冷淡又酷酷的她成为了学妹们心目中的偶像。可是实际上，亚由其实是一个非常普通的女孩子，和所有的青春期女孩一样，她也有着她的梦中情人——对所有人都很和蔼温柔的架地哲士（神谷浩史 配音）。作为 亚由的朋友，佐仓仁菜（神田朱未 配音）将这一切都看在眼中，单纯善良的仁菜决定，利用自己能够使用魔法这一优势，来帮助亚由向架地告白。可是，仁菜菜鸟级别的魔法水平帮了倒忙，竟将告白魔法施展到了架第的好友辻合宏基（千叶进步 配音）的身上，多亏有同行桐岛由多（林勇 配音）的帮助才得以脱险。就这样，轻松愉快的校园爱情故事围绕着着五人展开了。
回复 :由于父辈之间是好友，个性开朗粗犷的少年树多村光（入野自由 配音）和月岛若叶（神田朱未 配音）成为了青梅竹马的好友，两人间有着以甲子园为舞台的美好约定。没想到，11岁时，若叶不幸落水身亡，在悲痛之中，光将两人的梦想默默的埋藏在了心底。作为若叶的妹妹，青叶（户松遥 配音）所感受到的悲伤是他人的数倍，可是，从小就热衷于棒球运动的她选择了咬紧牙关，以实际行动来祭奠姐姐的去世。转眼间，光升入了高中，为了完成和若叶的梦想，光加入了棒球队，没想到却被编入了毫无用武之地的“肥料组”。隔年，青叶也考入了同一所学校。在青叶的鼓励下，光和队友们开始了以甲子园为最终目标的严酷训练。只要不放弃棒球，我们就能够永远的在一起。只要我们能够聚在一起，那在角落里默默等待着的，代表着幸福的四片叶的三叶草，就绝对会有被发现的那一天。
回复 :东京、大阪、京都相继发生杀人事件，5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入调查，发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员8名，以义经的家臣名字互相称呼，且都持有一本《义经记》，被害5人手中的《义经记》均被拿走。这日京都古寺山能寺收到奇怪书信，说若能解开信中所附的画谜，便能找到8年前被窃的如来佛像。柯南、小兰随毛利小五郎来到该寺，均对画谜一筹莫展。5名被杀者之一曾对与新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加，服部也来到京都对案件秘密展开调查，并借机找寻自己的初恋情人。柯南与服部相遇联手调查时，发现有人想置服部于死地，紧接“源氏萤”另一成员被害，而这一切，似乎又都与画谜有关。
回复 :故事穿越了多个不同的空间，从主角星猫所在的天神星到12星座战士的不同领地，空间的交换带动着整个故事情节的发展。
