《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历，人类正式开始进出宇宙2世纪，但因为2次大型陨石的坠下，人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年，第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。地球连邦政府经过调查，发现是由人类未知的技术制造的物体，这种地球以外的技术被称为EOT(Extra over technology)。地球连邦政府组成了“EOT特别审议会”和“EOTI机关”进行调查。然后EOTI机关的代表比安博士发表了研究结果，表示地球有被宇宙以外的生命体侵略的危机。从此，人型机动兵器：Personal Trooper的研究开始了。
回复 :大家最爱的少年侦探们将开启一段难忘的新英格兰探险之旅。他们将要侦察一家历史悠久的殖民旅馆的幽灵事件，而这旅馆其实是一家无与伦比的美食度假村。
回复 :火野国中1年级的植木耕助，某天突然得到了“将自己认为是垃圾的东西变成树”的能力，授予他这个能力的是天神候补的天界人小林老师。100名天神候补授予各自选中的中学生以不同的能力，让其战斗，能够选中最强中学生的天神候补就可以成为下届的神。于是一场惊天动地的战斗展开了。但是这种能力一旦伤害普通的人类，自身拥有的才能就会一点点消失。然而一旦在战斗中胜出的话，就能拥有”空白之才“（拥有者能拥有任何一种想要的才能），即使是再恐怖的能力也有可能。植木为了不让“空白之才”落入邪恶之人的手中，决定贯彻自己的正义，守护“空白之才”。
回复 :多年以来，人类和机器人都和平共处，生活在高科技的硅谷市。然而，总有那么一些人想要打破这种和谐的局面。不相信机器人和人类可以共存的破坏分子在硅谷市兴风作浪，肆意破坏。幸运的是，硅谷市有位守护者：阿奇·莱特，一个看似普通，开朗乐观的机器人男孩，但他有个秘密：他可以随时变身为洛克人，拥有超级英雄的能力。在对抗各个邪恶机器人，维护硅谷市和平的道路上，精彩的冒险等着洛克人。他还有家人和他并肩作战：他的创造者兼父亲，莱特博士；姐姐苏纳；机器人小狗莱西。阿奇需要学会平衡他的机器人日常生活以及超级英雄生活。好了，是时候变身了！
