东京、中国大阪、中国京都相继发生杀人事件，5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入调查，发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员8名，以义经的家臣名字互相称呼，且都持有一本《义经记》，被害5人手中的《义经记》均被拿走。这日京都古寺山能寺收到奇怪书信，说若能解开信中所附的画谜，便能找到8年前被窃的如来佛像。柯南、小兰随毛利小五郎来到该寺，均对画谜一筹莫展。5名被杀者之一曾对与新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加，服部也来到京都对案件秘密展开调查，并借机找寻自己的初恋情人。柯南与服部相遇联手调查时，发现有人想置服部于死地，紧接“源氏萤”另一成员被害，而这一切，似乎又都与画谜有关。
回复 :故事发生在一个虚构的世界“庭园”之中，神秘的力量令一部分的人类获得了特异功能，“圣战天使”是传说中早已经失落的种族，他们能够变身成为超强的武器，通过和人类的合作进行战斗，如今，这一种族竟然渐渐开始了复苏。库（石田彰 配音）是一位平凡而又善良的少年，某日，他邂逅了名叫蕾（高桥美佳子 配音）的神秘女孩，原来，蕾正是“圣战天使”中的一员，她请求库带她重回圣地“艾迪鲁庭园”，就这样，难辞其咎的库和蕾踏上了旅途。个性开朗活泼可爱的西斯卡（水树奈奈 配音）、温文尔雅的龙威（上田祐司 配音）、成熟温柔的奇雅（铃木菜穗子 配音），三人来自于专门保护圣战天使的完全保护会，他们亦加入了库和蕾的队伍中去。
回复 :柯南在街头目睹一名正打电话的警察在雨中被射杀，忙将凶手追踪，但凶手逃脱。死者闭眼一刻紧抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南从目暮警官口中了解到紧抓左胸是暗示那里有警察手册。不久又有警察手拿警察手册被人射杀于地下车库。对于这两起案件，目暮警官等人一反常态不愿向毛利小五郎及柯南透露太多信息。毛利不甘心进一步追问，白鸟警官只答一句“Need not to know”。该话是警察之间所用的密语，意味这两起杀人事件与警察内部人士有关。柯南、小兰等人参加白鸟妹妹的婚宴，电突然间停掉，那刻小兰正与女警佐藤在洗手间。小兰拿起身边的手电筒欲照明时，一颗子弹射进佐藤身体，小兰吓昏过去。次日小兰醒来，却因怪责自己害佐藤挨枪失去记忆。目暮见事态越来越严重，将秘密说出，原来死去的两名警察正与佐藤一起重查一桩有关医生仁野自杀的案件，该案涉及到警察局长的公子。将局长公子假定为嫌疑人之一时，柯南亦想到佐藤被射杀后宴会上少掉的两个人。
回复 :秋秋博士麾下的香蕉兵团肆意掠夺哆啦岛居民的幸福能量，并用掠夺的幸福能量给哆啦岛制造巨大危机。小靖和五名吼吼龙伙伴成立了吼吼龙守卫队，前去迎战强大的香蕉兵团，救助受困的群众，平息街道的混乱。在和香蕉兵团的屡次交锋中，吼吼龙守卫队变得越发强大团结。他们逐渐得到了居民们的认可，成长为真正的英雄。
