第一季的最后一集，当迈克（文特沃斯?米勒 Wentworth Miller 饰）和林肯（多米尼克?珀塞尔 Dominic Purcell 饰）他们跑到黑帮老大阿布鲁奇派来的飞机所停泊的地方时，飞行员因为安全问题而没等到他们就离开了。逃脱的囚犯们只能望天长叹，于是，他们各自展开了逃亡生涯。FBI追捕逃犯的资深探员马宏在副总统的授权下成为捉捕小组的主管，他决定逐个击破。另一方面，莎拉的父亲因为林肯这起案件而遭灭口，她开始相信麦克了，并从父亲的遗物那里获得蛛丝马迹；副总统的手下Kellerman 前往捉捕林肯的儿子LJ准备拿他当人质时，将LJ一家都杀死了，而却被LJ意外逃脱；一直帮助林肯的律师掌握到了越来越多的线索……一切阴谋似乎都在慢慢揭开。
回复 :詹姆斯·基内（塔伦·埃哲顿 饰）出生在芝加哥，是一名警察的儿子。他曾是一名出色的橄榄球球手，并朝着职业道路发展。而他犯的错使他被判10年监禁，无假释机会。检察官给他一个将功补过的机会，但风险很高。有一个叫拉里·霍尔（保罗·沃尔特·豪泽 饰）的人绑架和谋杀了一个15岁女孩，而这个女孩仅仅是他过往杀害的19名女性之一，由于证据不足，霍尔或将被释放，基内的任务就是在狱中让霍尔承认他的谋杀行为。
回复 :该剧以伊豆国豪族北条时政的次子、镰仓幕府第2代执权北条义时成为日本实际执政者的故事。该剧得名于镰仓幕府设置的十三人合议制。
回复 :继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
